Если рассматривать более простые примеры, то, как правило, навигационная анимация касается меню. Например, дроп-дауны, селекты, выпадающие списки, раскрывающиеся фильтры, сложные
многоуровневые меню. Представьте многоуровневое меню с кучей разделов, категорий и списком по 20 пунктов в каждой из этих категорий, которое открыто сразу. Легко бы вам было найти нужный пункт в газете на ватмане? Вот это примерно то же самое.
Ориентироваться в таком блоке, если бы он целиком выпал на экран, было бы чудовищно. Но за счёт пошаговости, скрытия определённых объектов в этом меню, мы управляем вниманием пользователя. Не рассеиваем на 100 500 элементов, а фокусируем на определённых нужных ему категориях, и дальше, по мере перехода в нужную категорию, открываются более глубокие подкатегории с помощью анимации.
Может показаться, что пользователю нужно делать больше действий, но, благодаря анимации, всем этим скрытиям, открытиям, появлениям тех или иных секций, навигация пользователя упрощается. Улучшается его опыт взаимодействия с нашим сайтом, ему он больше нравится, мы получаем плюсик к шансу повторного визита.